病原微生物宏基因组测序生物信息分析及报告质量控制专家共识

算法 5（Message‑Digest Algorithm 5，MD5）值的一致性来判断。（2）基因组数据质量控制。使用基因组质量评估工具，如checkM和QUAST，评估已下载的微生物基因组数据的完整性和污染序列，基因组完整性应≥95%，污染度应≤5%。还需过滤掉质粒序列、基因组重叠群片段长度3.5 分，且第二轮指标变异系数均90%（即强推荐），Ⅱ为 70%~90%（即推荐），Ⅲ为2%或>1 bp的序列。（5）低复杂序列包括 PolyA 序列和其他简单重复序列，序列尾端 PolyX 序列截断。（6）原始数据采用截断策略处理后，序列长度不少于 50 bp，数据有效比对率>70%。基于第三代技术的过滤低长度序列，建议去除≤500 bp 序列［15］ 。